Ревюта
- 15.01.2010
- коментари (4)
- напиши коментар
NVIDIA обяви наличието на Tesla Bio Workbench, която дава възможност на учените да достигнат до границите на биологичните изследвания, с помощта на обикновен компютър, превърнат в „изчислителна лаборатория”, която може да се справя с много сложни задачи от областта на бионауките в сфери като разработка на лекарства или комбиниране на ДНК с 10-20 пъти по-висока скорост благодарение на използването на графични процесори NVIDIA® Tesla™.
Tesla Bio Workbench се състои от:
Специализиран уебсайт-общност, от където могат да бъдат изтеглени приложенията, да бъдат видени актуални тестове, прегледани разнообразни научни документи и ръководства, както и да бъдат дискутирани неща директно с разработчиците на отделните ресурси във форумите.
Информация за Tesla GPU-базираните работни станции и изчислителни клъстери, които са достъпни за оптимално лесно използване на гореспоменатите специализирани приложения.
Традиционно учените извършват своята експериментална работа в лаборатории, където комбинират различни химикали, изучават тяхното взаимодействие и измерват ефективността им. С напредъка в изчислителната наука вече тези опити могат да бъдат извършвани с помощта на стимулационни модели по молекулярна динамика и квантова химия, но по традиция това изискваше много големи и мощни суперкомпютри с хиляди изчислителни процесори.
С помощта на масивната паралелна архитектура CUDA™ поддържана от графичните процесори на NVIDIA, тези приложения вече могат да бъдат изпълнявани с от 10-20 пъти по-висока скорост, което означава, че дори един обикновен компютър, оборудван с Tesla ще може да надмине специализиран суперкомпютър.
Цитати:
"Ние работим върху изцяло нова GPU-базирана техника за визуализация в софтуера за VMD молекулярната динамика, която дава възможност за изследване на това, как малки молекули като кислород и въглероден диоксид мигрират вътре в протеините. Това изследване е критично за изучаването на механизмите за реакция на ензимите", заяви Джон Стоун, главен научен програмист в Университета на Илинойс. "Симулация, която отнема 1 ден, за да се изпълни на GPU-базирана работна станция щеше да отнеме 30 дни на процесорно-базирана машина, което би я направило непрактична за реални изследвания".
"TeraChem е мощен софтуерен пакет за молекулярно моделиране, чийто изчисления могат да спомагат при разработката на нови лекарства, като в същото време ще бъде избегната загубата на време за синтезирането на необещаващи кандидати", заяви Тод Мартинез, професор по физична и теоретична химия в Станфордския университет. "С TeraChem изчисленията, които биха отнели дни или седмици на компютърен клъстер вече могат да бъдат изпълнявани рутинно върху NVIDIA GPU-базирани работни станции. А това позволява значително да бъде ускорен процеса по създаване на нови лекарства".
"Използвайки AMBER за извършването на симулации на целулозния ензим на хидролиза наречен Целобиохидролаза, ключов елемент в подобряването на ефективността на производството на био-етанол, като при използването на само един графичен изчислителен процесор на NVIDIA ние постигаме еквивалентна производителност като от клъстер от 10 системи", заяви Рос Уолкър, професор по изследванията в Центъра за суперкомпютри на Сан Диего в Калифорнийския университет.
"Изследователите тук, използващи GPU-базирания софтуер за молекулярна динамика NAMD изучават как вирусните клетки реагират на различни лекарства, включително и изучаването на ефективността на лекарства срещу вируса H1N1", заяви Клаус Шултен, професор по физика, директор на NIH Resource for Macromolecular Modeling and Bioinformatics и съдиректор на NSF Center for the Physics of Living Cells в Университета на Илинойс. "NAMD работещ на 4 графични процесора в една работна станция може да изпревари по производителност 16 процесора в сървърна ферма".
